MS 4. yüzyılda Roma İmparatorluğunun başkenti olarak yeniden kurulduğu günden günümüze değin Akdeniz’in en önemli kentlerinden biri olarak kabul edilen İstanbul, üç dünya İmparatorluğunun başkenti ve Türkiye Cumhuriyeti’nin en görkemli şehri olma özelliğini korudu. Doğu ve batı uygarlıklarının buluşma, farklı kültürlerin çatışma ve birlikte yaşamalarına sahne oldu. İstanbul, uzun tarihi boyunca, şehrin sınırlarının Theodosius surlarıyla belirlendiği günlerden, devasa bir alana yayılmış, on beş milyon insanın yaşadığı kozmopolit bir şehir haline dönüştü. Eski kent modern bir metropole dönüşürken en önemli sorunlarından biri de ulaşım oldu. Bu sorunun çözümüne yönelik olarak hazırlanan Marmaray ve Metro projelerinin Üsküdar, Sirkeci, Sultanahmet ve Yenikapı’daki istasyonlarının inşası öncesinde, tarihi dokuya sahip bu yerlerde İstanbul Arkeoloji Müzeleri Müdürlüğü detaylı bir kurtarma kazısı başlattı.
Asya ve Avrupa’yı tarihte ilk kez İstanbul Boğazı’nın altından geçecek bir demiryolu hattı ile birleştirecek olan Marmaray Demiryolu projesi ile şehir içi ulaşımı sağlayacak olan Metro hatlarının Yenikapı bölgesindeki en büyük aktarma istasyonu projesi, İstanbul tarihinin en kapsamlı arkeoloji kazılarına dönüştü. Merkezi bir istasyonun kurulacağı Yenikapı’da, antik dünyanın bilinen en büyük limanlarından biri olan ve Bizans Dönemine tarihlendirilen Theodosius Limanı ortaya çıkartıldı.
Toplam 58.000 metrekarelik alan üzerinde sürdürülen kazılar, Osmanlı İmparatorluğu’nun son dönemlerinden, Marmara Denizinin göl konumunda olduğu Neolitik Çağa kadar değişik stratigrafik tabakalarının bulunduğu, yaklaşık 12 metre kalınlığındaki dolgu içinde gerçekleştirildi . Kazılar, limanın önceleri doğal bir koyda kurulduğunu ardından Lykos (Bayrampaşa) deresi tarafından taşınan alüvyonlarla dolarak, günümüzde sahil şeridinden yaklaşık 300 m içeride kaldığını teyit etmiştir. Kazı çalışmalarını yaklaşık 50 arkeolog ve ortalama 600 işçiyle yürüten İstanbul Arkeoloji Müzeleri Müdürlüğü yerli-yabancı birçok üniversite ve enstitünün ilgili bölümleriyle işbirliği yaparak gemi ve tekne arkeolojisi, konservasyon, osteo-arkeoloji, arkeo-botanik, jeoloji, filoloji, dendrokronoloji, prehistorya ve antropoloji alanlarında bilimsel destek almıştır.
Derin doldu içinde sürdürülen kazılar sırasında sayıları yüz binlerle ifade edilen organik-inorganik eserlere ve mimari kalıntılara ulaşıldı. Buluntu topluluğu arasında yer alan ve 5 ile 10. yüzyıllar arasındaki zaman dilimine tarihlenen 36 adet batık gemi kalıntısı ise Erken ve Orta Bizans Dönemi’ne tarihlenen en büyük toplu gemi buluntusu olmasının yanı sıra, oldukça iyi korunmuş halde günümüze ulaşmaları nedeniyle de önem taşımaktadır. Bizans Dönemi’ne ait Galea’ların buluntu topluluğu içinde yer alması ise donanmada kullanılmış kürekli kadırgalara ait ilk arkeolojik örneklerin ele geçmiş olmasından dolayı ayrıca değer taşımaktadır.